Deve ser realizado prioritariamente entre 20 e 24 semanas de gestação pois esta é a melhor época para visualizar as alterações anatômicas. Atualmente é um exame de rotina em todas as gestações, no qual é feita uma avaliação detalhada sobre a anatomia fetal. Mesmo considerando as limitações técnicas inerentes ao ultrassom, a sensibilidade do ultrassom morfológico para detecção de malformações fetais é de aproximadamente 85%. É o exame de escolha para o acompanhamento de malformações já diagnosticadas em qualquer fase da gestação. Devido a sua importância, deve ser realizado preferencialmente por médico com especialização em Obstetrícia, o que permite que a maioria das malformações possam ser vistas já nesta época. Nesta mesma idade gestacional e de acordo com a solicitação de seu obstetra, também pode-se realizar a avaliação do Colo Uterino para a verificação Risco de Parto Prematuro (via transvaginal) e a Avaliação das Artérias Uterinas para Risco de Pré-Eclâmpsia (Dopplerfluxometria)